앞서 살펴본 바와 같이, 갈릴레오가 심혈을 기울여서 쓴 「크리스티나 공작부인에게 보내는 편지」는 그의 의도와 달리 ‘무엄하게도’ 성경의 어느 부분을 어떻게 재해석할 필요가 있는지를 판단하고 실제로 재해석할 권한이 일개 평신도에 불과한 그 자신에게도 있다는 생각을 암시한 것으로 비쳤습니다. 이 편지의 사본은 자유롭게 복사되고 회람되었기 때문에, 그 글을 읽은 가톨릭 성직자들이 보기에 그는 오만할 뿐만 아니라 위험한 프로테스탄트적 성향을 갖고 있다는 인상마저 들게 되었습니다. 그래서 결국 갈릴레오는 자신을 변호하기 위해 1615년 말에 피렌체를 떠나 로마로 가게 됩니다.

한편 다음 해인 1616년 1월에 교회법 학자인 프란체스코 잉골리 몬시뇰(Francesco Ingoli, 1578~1649)이 코페르니쿠스 체계를 반박하는 내용을 담은 편지(De situ et quiete terrae contra Copernici systema disputatio)를 갈릴레오에게 보내게 됩니다.

이 글은 갈릴레오 이전 최고의 관측천문학자였던 티코 브라헤(Tycho Brahe·1546~1601)의 천문학적 모델(프톨레마이오스 체계의 철학적·신학적 이점과 코페르니쿠스 체계의 기하학적 이점을 절충시킨 모델)에 기반하여 코페르니쿠스의 모델에 관해 무려 18가지나 되는 과학적 반론들을 제시하고 있습니다. 갈릴레오는 후에 잉골리의 이 편지가 곧이어 벌어진 자신의 종교 재판(제1차 갈릴레오 재판)에 영향을 끼쳤다고 믿게 됩니다.

드디어 1616년 2월 19일, 교황청 검사성성(현 신앙교리부)은 코페르니쿠스 체계 문제에 관해 신학자들로 구성된 위원회를 열 것을 요청하였습니다. 그 후 총 11명으로 구성된 위원회는 2월 24일 다음과 같은 보고서를 발표하였습니다.

“태양이 우주의 중심에 위치해 있으며 정지해 있다는 주장은 ‘철학적으로 어리석고 터무니없으며, 말씀의 문자적 의미에 따르면, 또한 거룩한 교부들 및 신학 박사들의 공통된 해석과 이해에 따르면, 여러 부분에서 성경의 의미에 위배되기 때문에 공식적으로 이단적이다.’ 또한, 지구가 세계의 중심에 있지 않고 운동을 한다는 주장은 ‘철학적으로 동일한 판단을 받으며, 신학적 진리에 관해서는 신앙에 있어서 적어도 오류가 있다.’”